A humánetológiai kutatások az alábbi három módszerrel, illetve ezek kombinálásával igyekeznek feltárni az emberi viselkedés mögött rejlő mozgatórugókat (Csányi, 1999).
E módszer lényege, hogy két vagy több fajt viselkedését hasonlítjuk össze annak reményében, hogy az esetleges különbségek révén következtethetünk az emberi evolúció jellegzetességeire, és feltételezésekbe bocsátkozhatunk az egykori szelekciós környezet, illetve az arra adott viselkedési választ illetően. Az evolúciós teória szerint kétfajta összehasonlítás képzelhető el.
A homológián alapuló összehasonlítás abból indul ki, hogy a kérdéses fajok közös őssel rendelkeznek, és ez a közeli evolúciós rokonság nagymértékű viselkedésbeli hasonlóságra utal. Ha azonban a kutatások eltéréseket mutatnak ki, akkor ez azt jelentheti, hogy az egyik vagy másik faj evolúciós történetében lényeges változások következtek be, amelyek kihatottak a viselkedésre is. Lényegében ezen a logikán alapulnak az ember-emberszabásúak összehasonlítása, amely esetben a viselkedésbeli hasonlóságok a közös ős jellemzésében segítenek, az eltérések pedig egy speciális emberi evolúciós történetet sejtetnek.
A konvergencián alapuló összehasonlítás azt feltételezi, hogy az adott fajok közötti hasonlóság nem az evolúciós rokonság, hanem megfeleltethető környezeti hatások miatt jött létre. Az ilyen összehasonlítás lényege, hogy rámutasson olyan tényezőkre, amelyek a kiindulási fajtól függetlenül vezethetnek hasonló viselkedési jellegek megjelenésére. Ilyen összehasonlításnak tekinthető egyes papagájfajok és az ember vokális kommunikációjának az összevetése, de ide sorolhatók azok a kutatások is, amelyek az ember és kutya között tételeznek fel evolúciós párhuzamot bizonyos viselkedési jellegek tekintetében.
Már az első humánetológusok nagy hangsúlyt helyeztek arra, hogy az ember egyes viselkedésformái tekintetében megvizsgálják az univerzalitás kérdését. Másszóval arra voltak kíváncsiak, hogy egyes kultúrába ágyazott viselkedésformáink mennyiben tekinthetők a fajra általánosan jellemzőnek. Egy viselkedés akkor tekinthető emberspecifikusnak, ha a környezeti tényezőktől viszonylag függetlenül megjelenik az ismert mai kultúrák döntő hányadában. Sokszor valóban megfigyelhető, hogy egy viselkedés univerzálisan jelentkezik (pl. a felismerő szemöldök felrántás), más esetekben csak a viselkedés jellege hasonló, de formája eltér (pl. minden kultúrában használnak figyelemfelhívó „mutató” gesztust, amelyet azonban eltérő módon hajtanak végre).
Mivel a humánetológus a viselkedés biológiai alapjai iránt érdeklődik, kutatásait nagymértékben zavarják a kulturális tanulás hatásai. E probléma megoldásának egyik lehetséges módja, hogy a kutatásokat olyan korán végezik, amikor a gyermeket viszonylag kevés kulturális hatás érte. A korai gyermekkorban végzett vizsgálatok további előnye, hogy ilyenkor még a nyelvhasználat kevésbé zavarja meg a viselkedési helyzetet.